"מחברת קץ הפלאות" – חיבור ייחודי רב תוכן וערך המצביע באופן חד ומפורט על התגשמות כל דברי הנביאים במאורעות "אחרית הימים", וחותר מתוכם ובעקבותם במהלך סלול אל פשרם ופתרונם של כל מראות דניאל על מועדי קץ הימים, מחורבן הבית עד הדור האחרון, על פי יסודות דברי חז"ל והראשונים.
בהקדמת המחברת באו דברי הקדמונים בעניין חישוב הקץ וההתעסקות בו, אשר קובעים מחד גיסא כי כל עוד לא התרחשו מאורעות אחרית הימים בטרם עת קץ, כפי שניבאו עליהם הנביאים, אין בכח אנוש להגיע אל פיענוחם של כלל הסימנים והמספרים שנאמרו במראות דניאל על עתו של הקץ האחרון, ועל כן אמרו (סנהדרין צז:) תיפח נפשם של מחשבי קיצין, אך מאידך גיסא – סמוך לזמן הקץ, אפילו תינוקות עתידים לעמוד על כל אותם סימנים עלומים ומספרים סתומים, שכן לאחר שיחלפו כל אותם מאורעות עולם לפי מספרם, "מעצמם יתבררו ויתלבנו" (אברבנאל, מעייני הישועה מע"א), ואילו כל מחשבי קיצים – טרם התחוללו מאורעות אחרית הימים כתעודתם – תם לריק כוחם והעלו חרס בידם, כי לא יתגלה זמן הקץ אלא בצמצום גדול סמוך אל הגאולה (עת לחננה להרמ"ד וואלי משלי כט).
בהמשך, ב"מבוא המחברת" מובאים דברי חז"ל והקדמונים באשר ליסודות אופן חישובם של מראות דניאל על מועדי קץ הימים בסדר ימות עולם ואלפיים שנות משיח, אשר – כפי שמתבאר לאורך דפי המחברת – נעוצים בהם כל זמני הקץ שנאמרו בנגלות ובנסתרות, עד לקץ האחרון – 'בעתה' אשר אי אפשר שתתאחר הגאולה ממנו, ועיקרם ויסודם במספרי השנים "אלף מאתים ותשעים", ו"אלף שלוש מאות שלושים וחמישה" שניבא עליהם המלאך בסוף ספר דניאל.
בשולי המחברת מופיעות 'פרפראות לחכמה' – הן תקופות וגימטריאות, המכוונות לכל אותם עתים וזמנים אשר נכונו בדברי הנביאים לעת קץ, וכדאיתא בתקו"ז (ח"ב) דכל חשבונות וגימטריאות דקיצין אינון פרפראות לחכמה.
במאמר "אחרית הימים" הכלול כאמור במחברת נפרסת מעין 'מפה' של כל אותם מאורעות שניתכו על בית ישראל משלהי האלף החמישי ולאורך האלף השישי, תוך הקבלה מפעימה ומדוייקת לדברי הנביאים ומאמרי חז"ל אשר ניבאו עליהם מראש, אחת מהנה לא נעדרה. מתבאר שם בפרוטרוט כיצד עלו ובאו לדאבונינו על בית ישראל כל אותם מאורעות עולם שניבאו הנביאים על אחרית הימים מאז פרוץ מלחמת העולם הראשונה לפני כמאה שנה, ובעקבותיה מלחמת העולם השניה ושואת עמינו בתחילתה של המאה הנוכחית, ובמקביל תקומת הישוב היהודי בארץ הקודש והתפתחותו הפלאית לאחר כאלפיים שנות שממה עד לשיעור של "רוב יושביה עליה" בימינו אנו.
בטבור המחברת באו נדבכים על גבי נדבכים המחשבים בהגיון צרוף את תחילתו של הקץ האחרון אל שנת ה'תשפ"ג/ד [ה'תשפ"ג לפי מניין שנות תורה שהיא שנת ה'תשפ"ד לפי מניין השנים בגלותינו משנת תוהו], ואת קיצו של הקץ אל שנת ה'תתכ"ח/ט [כנ"ל] אשר בה יכלו אותן 'אלפיים שנה שתייחל בהם האומה לימות המשיח' (המאירי בפתיחה למס' אבות) מאז חורבן הבית בשנת ג'תתכ"ח/ט, כפי שהם עולים מתוך קרוב למאה חישובים לוגיים באותם סימנים ומספרים שניבא עליהם דניאל, חישובים התואמים בדיוק נמרץ ומכונן לתיעודים השמורים בכתבי העתים על שנת הקמתו של ה"שיקוץ השומם", אשר כדברי הרס"ג בפירושו על ספר דניאל (ח, יט) היא מצבת בית מוחמד שהקים צבא ישמעאל על מקדש ה' ויעמדו שם עד לעת קץ החזון.
בתוך שלל הפנינים המרתקים שבאו בחלק זה של המחברת מדהים להיווכח כיצד תואמים ומדוייקים להפליא מספרי השנים מאז חזון דניאל על תקופת ה"ערב" לאחר "אלפיים ושלוש מאות" עד למאורעות תרפ"ט – היא אותה שנה המוגדרת בכתבי העתים כשנת האפס בסכסוך היהודי-ערבי – ועד לעליית הצורר הנאצי ימ"ש לשלטון והשמדת היהודים מאז עליית אחשוורוש למלוכה וגזירת המן להשמיד את כל היהודים, כאשר גם המספרים "אלף מאתים ותשעים" ו"אלף שלוש מאות שלושים וחמישה" – אשר כפי שמבואר באבן-עזרא שם הם מורים גם על מספר הימים שיעמדו בהם ישראל לפני ביאת הגואל בצרה גדולה שלא נהייתה כמוה – תואמים ומכוונים לחלוטין אף הם, באופן מעורר השתאות, למספר הימים שעמדו בהם ישראל בצרה שלא נהייתה כמוה בשנות השואה האיומה, בשלביה השונים של גזירת ההשמדה והכליון, לא תקפ"ץ.
לסיום יש להדגיש את דברי רש"י בדניאל (שם יד) לאחר שהוא מחשב שם את הקץ, כי "בטוחים אנו כי דבר אלוקינו יקום לעולם לא יופר, ואנו נוחיל להבטחת מלכנו קץ אחר קץ, ובעבור קץ הדורש נודע כי טעה במדרשיו, והבא אחריו יתור וידרוש דרך אחרת"!.